Mit Anerkennung als Jugendbildungsstätte zum 1. Januar 1975 wurde die „Trägergemeinschaft Jugendbildungsstätte Windberg“ gegründet. Die Trägergemeinschaft setzt sich zusammen aus der Prämonstratenserabtei Windberg, dem Bezirk Niederbayern, der Diözese Regensburg vertreten durch das Bischöfliche Jugendamt und dem BDKJ Regensburg. Neben den Mitgliedern der Trägergemeinschaft kooperiert die Jugendbildungsstätte Windberg – Umweltstation mit weiteren Akteuren der Kinder- und Jugendarbeit.
Die Prämonstratenserabtei Windberg eröffnete im Jahr 1971 ein Jugendhaus, aus dem später die Jugendbildungsstätte Windberg hervorging. Noch heute beherbergt das Klostergelände die Jugendbildungsstätte und der Konvent stellt Mitbrüder für die Geschäftsleitung und die Gästebetreuung. Alle Mitarbeiter*innen sind Angestellte der Prämonstratenserabtei. Daher ist die Abtei Mitglied der Trägergemeinschaft. Als "Geistliches Zentrum Windberg" veranstaltet die Abtei im Rahmen der Erwachsenenbildung Veranstaltungen in den Räumen der Jugendbildungsstätte.
Die Jugendbildungsstätte wurde auf Anregung der Diözese Regensburg 1971 von der Abtei als Jugendhaus für das Bistum errichtet. Dazu wurden die Räumlichkeiten der Abtei umfassend umgebaut.Die Diözese Regensburg ist durch den Jugendpfarrer in der Trägergemeinschaft vertreten. Darüber hinaus kooperiert die Jugendbildungsstätte Windberg hauptsächlich mit der Fachstelle Schülerinnen und Schüler des Bischöflichen Jugendamts Regensburg (BJA).
Die Jugendbildungsstätte wird von den verschiedenen Jugendverbänden in Niederbayern gerne als Seminar- und Tagungshaus genutzt und versteht sich als Fachstelle für die Jugend- und Bildungsarbeit im Bezirk Niederbayern.Mit Änderung der gesetzlichen Grundlage und der Zuständigkeit der Bezirke für Jugendbildungsstätten wurde der Bezirk Niederbayern zum 23. Mai 1995 in die „Trägergemeinschaft Jugendbildungsstätte Windberg“ aufgenommen und ist seither vertreten durch den Bezirksjugendring Niederbayern.
Die Jugendbildungsstätte wird von den verschiedenen Gliederungen des BDKJ und der Jugendverbände gerne als Seminar- und Tagungshaus genutzt.Für die Trägergemeinschaft ist der BDKJ, Diözesanverband Regensburg, tätig. Besondere Unterstützung erfährt die Jugendbildungsstätte durch Mittel aus der Kontingentselbstverwaltung des BDKJ in Form von Zuschüssen für Bildungsseminare.
Die Jugendbildungsstätte Windberg – Umweltstation ist eine von 12 bayerischen Jugendbildungsstätten. Gemeinsam machen sie sich für ein Angebot für Kinder und Jugendliche, Ehrenamtliche und hauptberuflich Mitarbeitende der Jugendarbeit stark. In Kooperationen sorgen die Einrichtungen für gemeinsame Projekte und Qualitätskriterien.
Staatlich anerkannte Umweltstationen sind Einrichtungen der außerschulischen Umweltbildung, die vom Freistaat Bayern in besonderer Weise gefördert werden. Als Umweltstation trägt die Jugendbildungsstätte dieses Qualitätssiegel des Bayerischen Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz. Die ausgezeichneten Partner führen jedes Jahr rund 32.000 Veranstaltungen durch und erreichen mehr als 890.000 Kinder, Jugendliche und Erwachsene.